Ferna wurde erstmals am 19. Juli 1090 urkundlich erwähnt. Vom 16. bis zum 19. Jahrhundert unterstand Ferna dem Westernhagenschen Gericht Berlingerode. 1815 bis 1945 gehörte die Gemeinde zur preußischen Provinz Sachsen. Ab 1945 war sie Teil der Sowjetischen Besatzungszone, ab 1949 dann Teil der DDR. Von 1961 bis zur Wende und Wiedervereinigung 1989/1990 wurde Ferna von der Sperrung der nahen innerdeutschen Grenze beeinträchtigt.

Seit 1990 gehört der Ort zum wieder gegründeten Bundesland Thüringen.

Zum ersten Mal urkundlich erwähnt wurde der Ort als Vernithe in der Schenkungsurkunde des Zehnten für das Kloster Lippoldsberg.. Die Ortbezeichnung geht auf eine mittelniederdeutsche Bezeichnung für Farnheide zurück.

Die Katholische Pfarrkirche, welche dem heiligen Johannes dem Täufer geweiht wurde, ist im Jahre 1736 neu erbaut anstelle der alten baufälligen Kirche. Die Weihe der Kirche erfolgte im Oktober 1739. Als Besonderheit ist das Ölgemälde mit der Rosenkranzmadonna mit der Darstellung der Seeschlacht von Lepanto (1571) zu verzeichnen. Ferna ist Filialkirche von Teistungen. Rege Beteiligung finden die alljährlichen Prozessionen zu Fronleichnam und zur kleinen Kirmes zum Patronatstag. Zu diesen Anlässen wird das Dorf von den Bewohnern festlich geschmückt.

Direkt neben der Kirche befindet sich der Anger, der mit zu den schönsten Angeranlagen im Eichsfeld zählt. Nachdem die 200 Jahre alte Linde vertrocknet war, konnte an ihrer Stelle zur 900-Jahr-Feier des Ortes eine neue gepflanzt werden. Diese war aus einem Samenkorn der alten Linde entstanden.

Der Ort Ferna war einst bekannt durch die 1906 gegründete Dampfziegelei Müller. 1990 war das Ende der Ziegelindustrie. Im darauffolgenden Jahr begann an gleicher Stelle der Ton-Tagebau Jacobi und der Düngemittelbetrieb Nordland Guano. In Ferna sind außerdem viele kleine und einige größere Betriebe ansässig. Zu erwähnen ist das Sägewerk Becker, welches aus der Hahlemühle entstand. Die Mehrzahl bilden selbstständige Handwerksbetriebe, aber auch zwei Gastronomen.

Viele Bürger engagieren sich für das Wohl der Gemeinde. Sie gestalten aktiv das Dorfleben mit und manche schlossen sich zu Vereinen zusammen. Der Karnevalsverein Ferna e.V. zählt die meisten Mitglieder. Weitere Vereine: Sportverein Blau-Weiß Ferna e.V., Rassegeflügelzuchtverein Ferna e.V., Taubenverein und der Deutscher Schäferhundeverein Ferna. Einmal im Monat treffen sich die Frauen ab 50. Die große Kirmes im Oktober wird durch die Kirmesburschen organisiert.

Zwei Mal im Jahr findet in Ferna die Kinder- und Kleiderbörse statt, die großen Zuspruch auch von außerhalb erhält.

Zahlreiche Aktionen werden durch die Freiwillige Feuerwehr Ferna und die Jugendfeuerwehr durchgeführt. Dazu zählt auch das alljährliche Osterfeuer in der Osternacht. Eine weitere Tradition in Ferna ist das Pfingstbaumbringen für die jungen Mädchen.

Die Bewohner von Ferna sind weithin als Fernsche Pieper bekannt. Dieser Ausdruck stammt aus alten Zeiten, als noch der Nachtwächter seinen Dienst versah. Damals konnte man sich kein neues Horn leisten. Darum wurde eine Pfeife, genannt Piepe, angeschafft. Dieses sprach sich schnell herum.

Der Fernsche Pieper selbst bekam seine Gestalt durch den Karneval. Heute gilt er immer noch als ein Vorzeigestück.