Der Name Ecklingerode bezeichnet vermutlich die Rodung eines Agiling, Ecco oder Eiko. Siedlungsmäßig handelt es sich - im Gegensatz zu den für Rodungen meist üblichen Haufendörfern - um ein erweitertes Straßendorf.

Archäologische Funde belegen eine Besiedlung der Gegend etwa seit der Steinzeit. Der Ort gehört seit frühester Zeit zur „Goldenen Mark“ und ist eingebettet ins Brehmetal. Das Dorf liegt ca. 3 km östlich von Duderstadt, direkt an der Landesgrenze zu Niedersachsen. Der Ort gehört zur Verwaltungsgemeinschaft Lindenberg/ Eichsfeld und zählt ca. 720 Einwohner. Ecklingerode ist der nördlichste Ort der Verwaltungsgemeinschaft und zählt mit Berlingerode, Neuendorf und Wehnde zur sogenannten "Buckligen Welt". Diese umgangssprachliche Bezeichnung resultiert aus der besonders hügeligen Landschaft, welche die Dörfer malerisch einbettet. Das Straßendorf präsentiert sich in sehr ruhiger Lage und ist durch die alte Eiche im Dorfzentrum umgeben mit schönen Fachwerkhäusern definiert.

Graf Herrmann von Harzburg und sein Bruder Graf Heinrich von Werder resignieren dem Erzbischof von Mainz zugunsten des Klosters Pöhlde den Zehnten von Ekkelingerodt. Der Ort wurde damit 1221 erstmals urkundlich erwähnt. Vom 14. bis zum Anfang des 19. Jahrhunderts gehörte Ecklingerode zum Westerhagenschen Gericht Berlingerode. Die Kirche wurde anstelle einer Kapelle im Jahr 1420 errichtet und dem „Heiligen Valentin" geweiht. Ecklingerode erhielt 1576 einen katholischen Pfarrer und die Gegenreformation wurde eingeleitet. Der Ort und die Kirche wurden dann 1623 während des 30-jährigen Krieges durch Truppen des tollen Christian von Braunschweig vollständig eingeäschert. Ernst Heinrich erhielt 1724 das Rittergut "Gelber Hof" mit allen Ländereien zu Ecklingerode. Er wurde Begründer der Westernhagenschen Linie im Dorf. Landesherr war bis 1802 Kurmainz. 1802 bis 1807 war der Ort preußisch und kam dann zum Königreich Westphalen. 1815 bis 1945 war er Teil der preußischen Provinz Sachsen.

Das Untereichsfeld um Duderstadt kam 1816 zum Königreich Hannover. Ecklingerode wurde Grenzort und erhielt bis zur Beendigung der Zollunion 1855 eine Zollstelle. Einige Grenzsteine aus jener Zeit sind teilweise bis heute erhalten. 1825 wurde die Kirche durch einen Fachwerkausbau an der Nordseite erweitert. Die erste schriftliche Aufzeichnung über die Schule in Ecklingerode stammt aus dem Jahr 1831. 1873 wurde der Kriegerverein gegründet und später dann der Schützenverein. Der Gesangsverein „Cäcilia“ wurde 1883 durch die Lehrer Streichert und Jünemann gegründet. Die Zigarrenfabrik wurde im Jahr 1890 erbaut. Das Herrschaftshaus zum "Gelben Hof" wurde im gleichen Jahr zu einem Gasthof umgebaut. Die Einweihung des Kreuzweges in der Kirche fand 1891 statt sowie auch die Gründung der freiwilligen Feuerwehr. 1898 wurde dann der Turnverein „Germania“ gegründet. Ein Rauchclub fand 1907 seinen Platz in Ecklingeorde.

1930 wurde die Kirche neu gebaut. Der Turm sowie der Chor der alten Kirche blieben jedoch erhalten. lm Zuge der Verschärfung des Grenzregimes 1952 wurde Ecklingerode ein abgeschiedener Ort in der Sperrzone. Die Grenze wurde immer unüberwindlicher, besonders ab 1961. Einige Familien wurden zwangsausgesiedelt, viele verließen das Dorf Richtung Westen. Seit dem Jahr 1953 besteht der Karnevalsverein in der heutigen Form. Die offizielle Gründung eines Blasorchesters unter der Leitung von Paul Kienemund und Arnold Weber war 1969. Nach dem Ausscheiden von Paul Kienemund hat sich Hubert Hundt für das Blasorchester sehr engagiert. Der Gartenverein "Goldene Aue" e.V. besteht bereits seit den 70 Jahren. 1991 gilt als das Jahr der Gründung des Schützenvereins "Gut Schuß" e.V. Im Jahr 1991 wurde das 100-jährige Jubiläum der Freiwilligen Feuerwehr unter großer Beteiligung vieler Wehren und Gäste begangen. 1945 bis 1949 kam der Ort zur sowjetischen Besatzungszone und war ab 1949 Teil der DDR. Von 1961 bis zur Wende und Wiedervereinigung 1989/1990 war Ecklingerode Grenzgebiet, was sehr zur Beeinträchtigung der weiteren Entwicklung des Ortes führte. Seit 1990 gehört Ecklingerode dem wieder gegründeten Bundesland Thüringen an.

In Ecklingerode ist der Sitz einer katholischen Pfarrei. Die Pfarrkirche St. Valentin liegt im Mittelpunkt des Ortes auf einer Anhöhe und ist weithin sichtbar. Sie ist umgeben von wunderschönen und gut erhaltenen Fachwerkhäusern. Zusammen mit dem Friedensplatz davor und der alten Eiche ist diese Ansicht für manchen Besucher ein Erinnerungsfoto wert. Früher soll an der Stelle der Kirche eine dem heiligen Valentin geweihte Kapelle gestanden haben, zu der jährlich eine Wallfahrt (auch Schäferwallfahrt genannt) bis 1860 stattfand. Das Kirchenschiff ist an einen alten Wehrturm angebaut, an dem heute noch Schießscharten erkennbar sind.

In den vergangenen Jahrzehnten lebten im Dorf überwiegend Kleinbauern und Handwerker. Eine große Zahl von Maurern und Zimmerleuten arbeiteten zum größten Teil in der Fremde, um den Lebensunterhalt für die Familien zu verdienen.

Das wohl größte Ereignis in der Nachkriegsgeschichte erlebte die Gemeinde, als am 8. November 1989 der Grenzübergang nach Duderstadt geöffnet wurde. Fast das ganze Dorf zog in einer Prozession mit Blasmusik zur Duderstädter Pfarrkirche St. Cyriakus, um ein Dankamt zu feiern. Seit der Wiedervereinigung hat sich in Ecklingerode vieles verändert. Im Zentrum des Ortes wurde eine Parkanlage mit Kinderspielplatz angelegt. Ein neues Feuerwehrgerätehaus wurde 2004 erbaut. Dank der Mithilfe vieler Ecklingeröder konnte im Mai 2012 durch den Bürgermeister René Sieber das neue Dorfgemeinschaftshaus eingeweiht werden. Ecklingerode ist außerdem durch einen neuen Radwanderweg mit Duderstadt verbunden. Ebenso kann man einen Abstecher zum Westöstlichen Tor in Richtung Wehnde machen. Im Ort sind das Busunternehmen "Reimann Reisen", dass Fahrdienstunternehmen Kopp, eine Gärtnerei, einige Elektroinstallationsbetriebe, zwei Friseure, eine Fahrschule, eine Physiotherapiepraxis und weitere kleine Dienstleistungsunternehmen zu finden.
 
Für unsere jüngsten Bürgerinnen und Bürger wurde ein neuer Kindergarten gebaut, der Ihnen seit dem 01.01.2021 für viel Spaß und gute Betreuung zur Verfügung steht. Die sportliche Betätigung kann am Sportplatz und am Schießstand ausgelebt werden. Das gesellige und sportliche Leben im Dorf wird durch zahlreiche Vereine und Clubs bestimmt: z.B. die Original Ecklingeröder Blasmusik, Tanzband „Moonlight", den Kirchenchor, den Karnevalsverein, den Kirmesburschenverein, den Schützenverein, den Sportverein "Germania", den Oldtimer-Verein, den Taubenverein, den Gartenverein und der Freiwilligen Feuerwehr. Als besondere Höhepunkte finden jährlich Karnevalveranstaltungen, das Gemeindefest an Fronleichnam, Schützenfest, Sportfest und die Kirmes statt. Die Kirmesburschen organisieren im Laufe des Jahres weitere Tanzveranstaltungen für Jung und Alt. Für unsere Senioren werden auch Ausflüge und Zusammenkünfte jährlich organisiert. Im Jahr 2021 wollte unser Ort mit vielen Gästen das 800-jährige Jubiläum feiern. Auf Grund der Corona-Pandemie mussten die Feierlichkeiten verschoben werden. Auch für die Zukunft ist die weitere Entwicklung der Infrastruktur des Ortes geplant. So soll unter anderem ein Baugebiet und ein Radwanderweg in Richtung Brehme entstehen.