Der Ortsteil Neuendorf ist ein malerischer Fleck im Eichsfeld, direkt an der ehemaligen Grenze zwischen Ost- und Westdeutschland gelegen mit etwas über 500 Einwohnern. Der idyllisch gelegene Ortsteil Neuendorf zeichnet sich durch seine dezentrale Anordnung der Gebäude und seine Waldnähe aus. Durch die neue Autobahn A 38 ist Neuendorf nach der Autobahnabfahrt Heiligenstadt in 10 Minuten zu erreichen. Neuendorf befindet im Untereichsfeld nördlich von Heiligenstadt und südwestlich von Duderstadt in einem kupierten Gelände in den Ausläufen des Zehnsberges. Unweit entfernt ist die niedersächsisch-thüringische Landesgrenze. Die Landstraße 2013 erschließt den Ort verkehrsmäßig.

Der Name deutet in seiner Zusammensetzung auf eine Zeit der Entstehung in einer zweiten, fränkischen Siedlungsperiode nach Zerfall des Thüringer Reiches 531. Es ist auch insofern ein "neues Dorf", als es anstelle eines zerstörten Dorfes, das ursprünglich in einiger Entfernung von der heutigen Lage existierte, wieder "neu" aufgebaut wurde (etwa bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts).

Im Jahre 1297 wurde Neuendorf als „nova villa“ erstmals urkundlich erwähnt. Ein Hugo von der Mark verkaufte 2 Hufen Land in der Gemarkung an das Kloster Teistungenburg. Durch die Raubritter wurde Nuwindorf (Neuendorf) 1367 in Mitleidenschaft gezogen. 1512 belehnte die Äbtissin von Quedlinburg die Familie von Westernhagen mit dem Zehnten in Neuendorf. Unter dem Einfluss der von Luther initiierten Reformation traten 1517 auch viele Neuendorfer zum protestantischen Glauben über. Von Neuendorf scheint zu dieser Zeit nur eine Wüstung verblieben zu sein. Diese wird der Familie von Knorr durch Anna, Äbtissin zu Quedlinburg, zum Lehen gegeben. Anna, Abtässin von Quedlinburg, belehnte Hans Knorren 1534 mit einer Wüstung Newendorf. Die meisten Neuendorfer kehrten 1609 zum einstigen katholischen Glauben zurück. 1626 erschossen Raubritter zehn Bauern in Neuendorf. Eine Quastmühle (Wassermühle) wurde 1676 errichtet. Die Äbtissin Anna Dororthea von Quedlinburg unterfertigte 1686 eine Urkunde, nach der die von Knorr vom gleichnamigen Stifte vor undenklichen Zeiten mit der sogenannten Wüstung Newendorf privative belehnt wurden (offensichtlich Bezug auf die Zeit um 1534).

1721 wurde die erste Schule in Neuendorf erbaut und 1730 kam die St. Nikolauskirche hinzu. Die Kirche ist der Mittelpunkt von Neuendorf und birgt als sakrales Schmuckstück zwei Flügelaltäre im gotischen Stil. 1782 zählt Neuendorf als adliges Gericht derer von Knorr mit 77 Häusern und 398 Einwohnern. Im Jahr 1802 wurde eine Bockwindmühle gebaut. Nach Napoleons Sieg in der Doppelschlacht von Jena/Auerstädt kam Neuendorf 1806 zum Königreich Westfalen unter Napoleons Bruder, und damit zu Frankreich. Neuendorf wird stark von Kriegsschulden belastet. Aus diesem Grund wird der Bau eines neuen Schulgebäudes nicht gestattet. 7 Bürger aus Neuendorf nehmen 1812 an Napoleons Russlandfeldzug teil. Nach dem Sieg der alliierten Armeen über Napoleon wird auch Neuendorf 1814 wieder Preußen zugeordnet. 1840 hat Neuendorf 740 katholische und 10 evangelische Einwohner in 131 Häusern. 1852 wurde die Knorrsche Holzgenossenschaft gegründet und 1859 wurde der neue Friedhof angelegt. 1864 fand eine kirchliche Benediktion von 3 Heiligenhäuschen durch Pfarrer Hilsenberg statt. Der Kriegerverein wurde 1874 gegründet. Eine Receptur der Kreissparkasse wurde 1884 eingerichtet. Im Jahr 1889 wurde dann ein Männergesangverein gegründet. 1900 wurde die Brücke über die Nathe errichtet.

1910/1912 wurde eine Zigarrenfabrik in Neuendorf erbaut. Erst 1921 wurde die elektrische Stromleitung im Ort verlegt. 1928 wurde das Kriegerdenkmal eingeweiht. Am „Stollenkopf“ findet Albert Saul 1934 ein Steinbeil und eine Streitaxt. 1938 erhält Neuendorf eine elektrische Straßenbeleuchtung. Die Amerikaner besetzten Neuendorf am 09.04.1945. Russische Truppen übernehmen das Dorf am 04.07.1945. 1945 war Neuendorf dann ein Dorf im Grenzgebiet.

Ein Schwesternhaus und ein zugehöriger Kindergarten wurden 1946 eingerichtet. 1954 kam dann ein Feuerwehrhaus hinzu und 1955 wurde eine Grenzkompanie eingerichtet sowie der Geflügelzüchterverein gegründet. Der Taubenverein wurde 1958 gegründet und 1960 die LPG Nathetal. Neuendorf wurde 1961, wie viele andere Gemeinden in der ehemaligen DDR und besonders im Eichsfeld, ein Ort "am Ende der Welt". Das Gebäude der Zigarrenfabrik wurde 1968 Unterkunft für die Zweigstelle des Worbiser Zentronic-Werkes, das zum Büromaschinenwerk Sömmerda gehörte (geschlossen 01.07.1991). Eine Leichenhalle wurde im Jahr 1972 gebaut und im darauffolgenden Jahr wurde der Kleingartenverein gegründet. 1976 wurde eine Dorffunkanlage gebaut und 1977 wurde der Konsum eingeweiht. Die zentrale Trinkwasserleitung wurde 1982 gebaut. 1985 wurde dann die Gaststätte neu gebaut. Das Grenzregime wurde 1989 ständig weiter verschärft bis zur totalen Abschottung im Zuge des "Mauerbaus". Im selben Jahr wurden eine Kinderkrippe und die Klärteiche errichtet. Außerdem wurde der Grenzübergang zwischen Neuendorf und Etzenborn eröffnet. 1991 wurde der Schützenverein gegründet. Im Jahr 1994 wurde ein Karnevalsverein gegründet und das Gemeindezentrum eingeweiht. 1995 wurde der neue Kinderspielplatz eingeweiht und 1996 die Marienkapelle.